Первым шагом по созданию авиации Погранвойск была отправка в 1923 г. нескольких самолетов в Среднеазиатские регионы для помощи пограничникам в борьбе с басмачами. Тогда же для подготовки пилотов было отобрано 40 курсантов Высшей пограншколы.
В 1932 году, 21 июля было издано Постановление Совета труда и обороны N 100 о организации пограничных авиационных частей. С этого времени начинается массовое формирование пограничных авиаотрядов. Уже к осени 1935 г. было полностью укомплектовано 22 пограничных авиасоединения. На вооружении авиационных частей погранвойск в то время находились двухместные одномоторные самолеты По-2, Р-1, Р-3 и Р-5, имевшие скорость полета порядка 200 км/ч и радиус действия 300 км и гидросамолеты Ш-2, МБР-2 и «Савойя» с радиусом действия 400 км.
По тому времени эта авиационная техника считалась лучшей. На проходившем в 1930 году в Тегеране международном конкурсе Р-5 занял первое место среди самолетов-разведчиков. Эта машина могла летать на очень малых высотах, откуда хорошо просматривалась контрольная пограничная полоса, кроме того, для ее посадки не требовалось больших площадок.
С самого начала существования авиаотряды получили признание пограничников. На счету первых пограничных авиасоединений не одно боевое столкновение с бандами басмачей и нарушителями государственной границы СССР.
В 1939 году, в рамках реорганизации авиации погранвойск была сформирована отдельная авиабригада, в состав которой вошли политотдел, штаб, отдел кадров, службы связи, метеослужба, штурманская служба и пр., после чего началось полное перевооружение авиачастей. В авиационные отряды погранвойск НКВД поступили скоростной бомбардировщик СБ, скоростной разведчик Р-10, морской разведчик МБР-2.
Учебные базы авиации погранвойск были укомплектованы самолетами УТИ-4. Все самолеты оснащались радиооборудованием, что намного повышало эффективность их использования для охраны границы.
В самом начале Великой Отечественной войны части авиации погранвойск, базирующиеся в Западном пограничном округе, первой приняла на себя удар превосходящих сил противника, но несмотря на существенные потери в первые дни войны пограничники с честью выдержали нелегкие испытания. На их счету немало сбитых вражеских самолетов. Позже часть пограничных авиаотрядов были переданы под командование ВВС СССР.
В послевоенное время наступил новый этап в развитии авиации погранвойск. Ее все шире применяли для охраны границы на открытых сухопутных и морских участках. Во время дозорно-разведывательных вылетов над территориальными водами СССР авиация тесно взаимодействовала с пограничными судами, наводя их с воздуха на предполагаемых нарушителей границы. В то же время возникли некоторые трудности с комплектованием авиации погранвойск самолетами, так как развитие авиации шло в направлении увеличения скорости и высоты полетов, что совершенно не соответствовало требованиям пограничников. Эта проблема была решена с появлением в середине пятидесятых годов вертолетов. К 1990 году авиация погранвойск КГБ состояла из опытного летного состава, часть которого имела за плечами участие в военных действиях в Афганистане, и отличный парк боевых машин.
В конце 1991 года произошел распад СССР, в результате чего пограничная авиация пришла в упадок. Самые крупные и лучше всего укомплектованные авиационные пограничные части оказались за пределами российской территории, что привело к некомплекту авиационных кадров, пополнение которых стало возможным только к 1994 году.
Начиная с 1994 года, авиация погранвойск, находящаяся к тому времени в составе ФПС России (федеральная пограничная служба РФ), принимала активное участие в первой и второй Чеченских компаниях. Одной из самых крупных операций было выставление пограничных застав на границе Чечни и Грузии, в Аргунском ущелье, которое активно использовалось боевиками для переброски из Грузии подкреплений, оружия, боеприпасов, медикаментов и амуниции. В 1999 году было принято решение о закрытии данного участка границы. В декабре 1999 года тремя авиационными группами, каждая из которых состояла из трех эскадрилий, была произведена внезапная высадка десанта, состоящего из трех десантных пограничных застав, перекрывших вход и выход из ущелья.
Следующим этапом операции было десантирование главных сил – по одной штурмовой группе на каждую заранее подготовленную площадку, после чего были подтянуты главные силы, усилившие пограничные десантные подразделения минометами и артиллерией. Позже пограничниками при огневой поддержке с воздуха была проведена тщательная зачистка местности как в самом Аргунском ущелье, так и на подходах к нему. Начиная с 2003 года авиация ФПС России вошла в состав авиации ФСБ.
В настоящий момент авиация погранвойск ФСБ укомплектована современными самолетами и вертолетами, оснащенными сложнейшими приборами.
Что же касается профессионального праздника, то у летного состава погранвойск их целых три. Это День ВВС, отмечаемый 12 августа, День авиации органов безопасности России – 14 августа, и конечно, 28 мая – День пограничника.