28 мая 1918 года председатель Совнаркома В.И. Ленин подписал декрет об учреждении пограничной охраны Республики Советов. Именно эта дата позже была выбрана под профессиональный праздник солдат в зеленых фуражках -День пограничника.
Однако за основу текста ленинского документа почти полностью взяты положения из правил для царской погранстражи, правда, с некоторыми изменениями в духе революционного времени.
После окончания Гражданской войны Феликс Дзержинский сформулировал основной принцип обеспечения охраны социалистических рубежей: «Граница — есть линия политическая и охранять ее должен политический орган». В соответствии с новыми веяниями СТО в 1920 году принял решение передать охрану всех границ в ведение Особого отдела ВЧК. Части войск, обеспечивавшие войсковое прикрытие границ, также перешли в оперативное подчинение ведомства Дзержинского. Так пограничники на долгие годы стали чекистами.
В новой инструкции частям войск ВЧК, охраняющим границы, подчеркивалось, что первоочередной задачей особых пограничных органов ВЧК является охрана границы в «военно-политическом отношении». Вместе с тем задача обслуживания таможенных органов и борьба с контрабандой хоть и значилась в руководящем документе четвертым пунктом, на самом деле вышла на первое место.
Гражданская война и иностранная военная интервенция несколько затормозили, но не остановили начавшийся поиск наиболее подходящей формы организации пограничной службы и создания пограничных войск в новых исторических и социально-политических условиях.
Среди первых руководителей погранохраны был и Андрей Николаевич Лесков — сын известного русского писателя Лескова. Свыше 30 лет отдал он службе погранохраны России. Полковник царской армии, отличный штабист внес большой вклад в подготовку командных кадров для погранвойск. В 1923 году он разработал Инструкцию по охране северо-западных границ, временно занимая в этот период должность начальника штаба Петроградского пограничного округа.
6 сентября 1918 года была введена пограничная форма, в частности, фуражки, папахи с зеленым верхом. Окончание гражданской войны и заключение договоров с сопредельными государствами об установлении дипломатических отношений и сотрудничестве открыли перед Советским правительством возможность более интенсивно и целенаправленно решать вопросы организации пограничной службы по всему периметру государственной границы Республики.
Остро встал вопрос подготовки начальствующего состава для войск ОГПУ. В 1923 году была открыта Высшая пограничная школа. В эти годы формировалась контрольно-пропускная служба погранвойск.